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La Auditoría Interna de la Caja Costarricense de Seguro Social nació el 11 de octubre de 1949, con la ley 755. Su concepción fue la de una oficina de control de trámites administrativos y, lo que tradicionalmente se conoce como auditoría policial. Tramitaba documentos, autorizaba compras, cajas chicas, pago de facturas, autorización de pensiones, firma de cheques de proveedores y salarios de empleados de la Institución; todos los egresos pasaban por la Auditoría. Además se efectuaban inventarios en almacenes, centros de producción, farmacias y proveedurías.
Por otra parte, se realizaban intervenciones en Hospitales, Sucursales y demás Oficinas, con el propósito de encontrar fraudes, hurtos y anomalías. No se tenía un programa, sino que se trabaja, en gran parte, bajo denuncias.
En la década de los 70 nacieron una serie de inquietudes en cuanto a la concepción y organización de la Auditoría Interna. Se elaboraron algunos estudios internos y se llegó a la conclusión, en términos generales, que la labor de la Auditoría debería enfocarse al control y evaluación de las operaciones de la Administración, posterior a su ejecución, por lo tanto las labores de control previo se trasladarían a la Administración Superior de la Institución.
Es así, como en el año 1978 se creó la Oficina de Trámite de Pagos, adscrita al Departamento de Tesorería, trasladándose la mayoría de las actividades de control previo, incluso con diez funcionarios de la Auditoría. De esta manera empezó un proceso de cambio en las funciones conceptuales y operativas de la auditoría.
Se formaron tres unidades de auditoría: Auditoría de Fiscalización (hoy Auditoría Operacional), Auditoría Financiero Contable y Auditoría de Hospitales y Clínicas. Se efectuó una distribución racional del recurso humano de acuerdo con las aptitudes de cada funcionario. Se empezó a elaborar programas y hojas de trabajo; se conformaron grupos de trabajo para el análisis y eliminación de la intervención de la auditoría previa. Sólo se mantuvo la labor de las conciliaciones bancarias y la toma de inventarios. Las conciliaciones se trasladaron al Departamento de Contabilidad en 1979 y los inventarios en 1985, una vez que se creó la Oficina Sistema de Compras y Abastecimiento.
En el año 1982 se creó la Auditoría de Informática. En agosto de ese mismo año se elaboró el Manual de Auditoría Interna de la Caja Costarricense de Seguro Social, conteniendo aspectos generales sobre: la organización de la Auditoría Interna, concepto de auditoría interna, normas de auditoría y control interno, papeles de trabajo, informes, cuestionarios de control interno y programas para evaluar centros hospitalarios y clínicas.
En marzo de1986 se confeccionó el Manual de la Auditoría Financiero Contable. En la Sección V, de ese manual, se exponen las Etapas en el proceso de desarrollo del trabajo de auditoría, las que se exponen a continuación:
- Etapa Preliminar
- Estudio y revisión de control Interno
- Evaluación del control interno en las acciones financiero Contable
- Comunicación de los resultados obtenidos en el estudio.
- Diseño del informe de auditorías
Además, el manual expone una serie de conceptos sobre la Sección Financiero Contable, el proceso de la auditoría, archivos, técnicas para la ejecución del trabajo, evidencia, muestreo, papeles de trabajo, informes y las normas generales para el funcionario de auditoría. En setiembre de 1987 se emite el Manual de Auditoría de la Sección Auditoría Operacional. Este documento define el quehacer de la Sección mediante directrices, normas y procedimientos de trabajo.
En el año 1991 se elaboró el Manual de Principios y Normas de la Auditoría Interna, el cual expone los conceptos, procedimientos, postulados y normas de auditoría, que deben observar los funcionarios de la Auditoría al llevar a cabo las evaluaciones de programas, actividades y funciones institucionales.
Recientemente la Junta Directiva en sesión No. 7278, artículo 2 del 19 de noviembre de 1998, acordó en forma unánime ordenar el traslado de las unidades de control interno de los hospitales a la Auditoría Interna. Posteriormente en sesión 7308 del 25 de febrero de 1999, aprobó la propuesta mediante la cual se autoriza la conformación de las Oficinas Auxiliares Desconcentradas a nivel local de la gestión de control y fiscalización desplegada por la Auditoría Interna.
Asimismo, en sesión 7340 del 03 de junio de 1999, artículo 3, se crea la Auditoría Médica, quién dependerá jerárquicamente de la Auditoría Interna.
Para julio de 1999, se tiene que la Auditoría está conformada por seis áreas: Operacional, Financiero Contable, Informática, Hospitales y Clínicas, Médica y Oficinas Auxiliares de Control Interno Desconcentradas.
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